善玉菌を増やすには？食べ物・飲み物と腸内環境を整える習慣を徹底解説

善玉菌を増やすには？食べ物・飲み物と腸内環境を整える習慣を徹底解説

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善玉菌を増やすには、ヨーグルトや納豆などの発酵食品を食べるだけでなく、腸内にすでに存在する菌の栄養源となる食物繊維やオリゴ糖を毎日の食事に取り入れることが大切です。さらに、適度な運動、十分な睡眠、規則正しい食生活も腸内環境に関係しています。大切なのは、特定の食品を大量に食べることではなく、善玉菌が活動しやすい環境を継続的につくることです。

2026年現在、腸内細菌の研究では、乳酸菌やビフィズス菌などの有用な微生物を摂取する「プロバイオティクス」と、腸内細菌の栄養源となる「プレバイオティクス」の両方が重視されています。この記事では、善玉菌を増やす食べ物・飲み物、ヨーグルトの選び方、オリゴ糖の効果、腸内フローラを整える生活習慣を整理し、毎日の食事に取り入れやすい実践方法や注意点まで詳しく解説します。

📌 【この記事の重要ポイントまとめ】

• 食事の基本：ヨーグルト、納豆、味噌などの発酵食品と、野菜・豆類・海藻・きのこなどの食物繊維を組み合わせる。
• 善玉菌の栄養源：玉ねぎ、ごぼう、大豆、バナナなどに含まれるオリゴ糖や水溶性食物繊維を積極的に取り入れる。
• 生活習慣の改善：規則正しい食事、十分な睡眠、適度な運動を続け、腸内細菌の多様性を支える。

【基本知識】善玉菌とは？悪玉菌との違いと腸内細菌の仕組み

善玉菌を増やす方法を理解するには、まず腸内細菌の仕組みを知っておく必要があります。

人間の腸内には多種多様な細菌が生息しており、それらが集まった状態を「腸内細菌叢（腸内フローラ）」と呼びます。細菌の種類や構成は一人ひとり異なり、年齢、食事、生活環境などによっても変化します。

善玉菌・悪玉菌・日和見菌の役割

腸内細菌は、一般的に善玉菌、悪玉菌、日和見菌という3つのグループに分けて説明されます。ただし、これらは腸内細菌を理解するための一般的な呼び方であり、厳密な学術分類ではありません。

善玉菌は、腸内環境の維持に役立つ働きを持つ細菌です。代表例にはビフィズス菌や乳酸菌があります。腸内で乳酸や酢酸などを産生し、腸内の環境を保つことに関係しています。

悪玉菌は、腸内で有害な物質をつくったり、腸内環境に悪影響を与えたりすることがある細菌です。代表的なものとして、ウェルシュ菌や一部の病原性大腸菌などが挙げられます。

日和見菌は、状況によって異なる働きをする細菌群です。腸内環境や宿主の状態によって、健康に有益な働きをすることもあれば、有害な働きに関係することもあります。

公益財団法人腸内細菌学会も、善玉菌・悪玉菌・日和見菌という区分は俗称であり、腸内細菌の働きを単純に二分できないことを解説しています。

乳酸菌とビフィズス菌は何が違う？

善玉菌の代表として知られる乳酸菌とビフィズス菌は、同じものではありません。

乳酸菌は、糖を分解して乳酸をつくる細菌の総称です。ヨーグルト、チーズ、ぬか漬け、キムチなど、さまざまな発酵食品に利用されています。

一方、ビフィズス菌は主に人や動物の腸管に生息する細菌です。乳酸に加えて酢酸も産生する特徴があり、酸素がある環境では増殖しにくい性質を持っています。

特にビフィズス菌は大腸の腸内環境を考えるうえで重要な細菌です。ヨーグルトを選ぶ際も、乳酸菌だけでなく、ビフィズス菌が含まれているかを確認すると、商品ごとの違いを理解しやすくなります。

腸内細菌はどのように健康を支えている？

腸内細菌は、食事から摂取した栄養素のうち、人間の消化酵素では十分に分解できない成分を利用します。

代表的なのが食物繊維の発酵です。腸内細菌が食物繊維を利用すると、酢酸、プロピオン酸、酪酸などの短鎖脂肪酸がつくられます。

これらの物質は、大腸内の環境や腸管の働きに関係し、腸内細菌が活動しやすい環境を支えます。つまり、善玉菌を増やすためには、菌そのものを取り入れるだけでなく、腸内で菌が利用できる栄養を確保することも欠かせません。

【食事編】善玉菌を増やす食べ物は？発酵食品・食物繊維・オリゴ糖を解説

善玉菌を増やす食事の基本は、発酵食品とプレバイオティクスを組み合わせることです。

発酵食品から有用な微生物を取り入れ、食物繊維やオリゴ糖を含む食品から腸内細菌の栄養源を確保する。この2つを意識すると、毎日の食事を組み立てやすくなります。

1．ヨーグルト・納豆・味噌などの発酵食品

善玉菌を増やす食べ物として、まず取り入れたいのが発酵食品です。

代表的な食品と特徴は次のとおりです。

• ヨーグルト：乳酸菌やビフィズス菌を含む商品があり、朝食や間食に取り入れやすい。
• 納豆：納豆菌を利用した発酵食品で、食物繊維や植物性たんぱく質も摂取できる。
• 味噌：麹菌などを利用してつくられる発酵食品。具だくさんの味噌汁にすると野菜や海藻も摂れる。
• キムチ：乳酸菌を利用した発酵食品。塩分の摂りすぎには注意したい。
• ぬか漬け：乳酸菌などが関係する発酵食品。野菜と発酵食品を同時に取り入れられる。
• チーズ：乳酸菌などを利用して製造される種類がある。製法によって微生物の状態は異なる。

注意したいのは、発酵食品ならすべての商品に生きた善玉菌が豊富に含まれているわけではないことです。製造工程で加熱殺菌されるものもあり、菌の種類や状態は商品によって異なります。

また、納豆菌などの食品由来の菌が、そのまま腸内に長期間定着するとは限りません。発酵食品は特定の菌を増やすためだけの食品ではなく、食生活全体の栄養バランスを整える食品として取り入れることが大切です。

2．食物繊維が豊富な食品を積極的に食べる

善玉菌を増やすうえで、特に意識したいのが食物繊維です。

食物繊維は人間の小腸では十分に消化されず、大腸まで届きます。そこで腸内細菌によって利用され、菌の増殖や短鎖脂肪酸の産生に関係します。

食物繊維には、大きく分けて水溶性食物繊維と不溶性食物繊維があります。

水溶性食物繊維は、水に溶けて粘性を持つものなどがあり、腸内細菌によって発酵されやすい種類が多くあります。大麦、オートミール、海藻、果物、豆類などが主な供給源です。

不溶性食物繊維は、水に溶けにくく、便のかさを増やす働きがあります。ごぼう、きのこ、豆類、野菜、全粒穀物などに含まれています。

どちらか一方に偏らず、さまざまな植物性食品から摂取することがポイントです。

厚生労働省のe-ヘルスネットでは、麦ごはん、押し麦、そば、納豆、おから、ごぼう、ブロッコリー、しいたけ、ひじき、りんごなどを食物繊維の摂取に役立つ食品として紹介しています。

さらに、2025年版「日本人の食事摂取基準」では、成人の食物繊維の目標量は次のように設定されています。

• 男性18～29歳：1日20g以上
• 男性30～64歳：1日22g以上
• 男性65～74歳：1日21g以上
• 男性75歳以上：1日20g以上
• 女性18～74歳：1日18g以上
• 女性75歳以上：1日17g以上

この目標量は、2025年度から2029年度まで使用される基準に基づくものです。

現在の食事で食物繊維が不足している場合は、まず1日当たり3～4g程度を追加することを目安に、無理なく増やす方法もあります。急激に増やすと、おなかの張りやガスが気になることがあるため、少量から始めましょう。

3．オリゴ糖を含む食品を取り入れる

オリゴ糖は、善玉菌の栄養源として知られる成分です。人間の消化酵素では分解されにくい種類があり、大腸まで届いて腸内細菌に利用されます。

特にフラクトオリゴ糖やガラクトオリゴ糖などは、プレバイオティクスとして利用される代表的な成分です。

オリゴ糖を含む主な食品には、次のようなものがあります。

• 玉ねぎ：料理に使いやすく、日常的に取り入れやすい。
• ごぼう：食物繊維とオリゴ糖を含む。
• 大豆：オリゴ糖に加え、植物性たんぱく質も摂取できる。
• にんにく：フラクトオリゴ糖などを含む。
• アスパラガス：オリゴ糖を含む野菜の一つ。
• バナナ：食物繊維やオリゴ糖を含み、朝食や間食に便利。

オリゴ糖の効果を期待するからといって、サプリメントや市販のオリゴ糖製品を大量に摂取する必要はありません。食品から自然に取り入れる方法でも、日常の食事を工夫できます。

なお、オリゴ糖は一度に多く摂ると、おなかが張ったり、下痢をしたりすることがあります。特に過敏性腸症候群などで腹部症状が出やすい人は、少量から試すことが大切です。

【飲み物編】善玉菌を増やす飲み物とヨーグルトの選び方

食事だけでなく、毎日の飲み物を工夫することも腸内環境を整えるきっかけになります。

ただし、飲み物を飲むだけで腸内の善玉菌が必ず増えるわけではありません。乳酸菌などを含む飲料を選ぶ場合は、含まれる菌の種類や商品表示を確認しましょう。

善玉菌を意識した飲み物の選択肢

• 飲むヨーグルト：乳酸菌などを含む商品があり、食事に取り入れやすい。
• 乳酸菌飲料：使用されている菌株や含有量を確認して選ぶ。
• ケフィアなどの発酵乳：複数の微生物を利用してつくられる発酵乳の一種。
• 無糖の豆乳：植物性たんぱく質を補える。商品によっては発酵させた豆乳ヨーグルトもある。
• 水や白湯：善玉菌そのものを増やす飲み物ではないが、十分な水分摂取は便通を整える生活習慣の一つ。

特に注意したいのは、乳酸菌飲料や飲むヨーグルトの糖質です。商品によっては砂糖や甘味料が多く含まれているものもあります。毎日飲む場合は、栄養成分表示を見て、糖類やエネルギー量も確認しましょう。

ヨーグルトはどれを選べばよい？

ヨーグルトにはさまざまな乳酸菌やビフィズス菌が使用されており、すべての商品が同じ働きをするわけではありません。

選ぶ際は、次の4点を確認すると判断しやすくなります。

• 菌の種類：乳酸菌なのか、ビフィズス菌なのか、使用菌株が表示されているか。
• 機能性の表示：整腸作用など、商品がどのような機能を表示しているか。
• 糖質・カロリー：加糖タイプか無糖タイプか、日常的に続けやすいか。
• 食べやすさ：味、価格、容量、保存方法など、自分の生活に合っているか。

特定保健用食品（トクホ）と機能性表示食品の違いも知っておきたいところです。

トクホは、製品ごとに有効性や安全性などについて審査を受け、消費者庁長官の許可を得た食品です。一方、機能性表示食品は、事業者の責任で科学的根拠などを消費者庁に届け出て、機能性を表示する制度です。機能性表示食品は、国による個別審査を受けたものではありません。

パッケージのキャッチコピーだけで判断せず、具体的な届出表示や関与成分を確認することが大切です。

また、ヨーグルトを食べれば必ず善玉菌が腸内に定着するわけではありません。摂取した菌が一時的に腸管を通過する場合もあり、商品や菌株によって性質が異なります。

日本乳業協会や腸内細菌学会の解説でも、ヨーグルトに含まれる菌の種類や、腸まで届く性質は商品によって異なることが説明されています。

特定の商品を選んで継続的に食べながら、便通や腹部の張りなど、自分の体調に合うかを確認するのが現実的な方法です。

【仕組みと比較】プロバイオティクス・プレバイオティクス・シンバイオティクスの違い

腸内フローラを整える方法を調べると、プロバイオティクス、プレバイオティクス、シンバイオティクスという言葉を目にします。

似た言葉ですが、それぞれ役割が異なります。違いを理解すると、どの食品を組み合わせればよいのかが分かりやすくなります。

プロバイオティクスとは？

プロバイオティクスとは、適切な量を摂取したときに宿主の健康に有益な効果をもたらす生きた微生物を指します。

代表例は、特定の乳酸菌やビフィズス菌などです。ヨーグルトや発酵乳、菌株を配合したサプリメントなどが摂取源になります。

ただし、すべての乳酸菌やビフィズス菌に同じ効果があるわけではありません。健康への影響は菌株や摂取量、対象となる症状などによって異なります。

プレバイオティクスとは？

プレバイオティクスは、腸内に存在する微生物によって選択的に利用され、健康上の利益につながる食品成分を指します。

食物繊維や一部のオリゴ糖が代表例です。腸内細菌の栄養源となり、菌の活動や代謝物の産生を支えます。

プロバイオティクスが有用な微生物を取り入れる考え方であるのに対し、プレバイオティクスは腸内細菌が利用できる栄養を補う考え方です。

シンバイオティクスとは？

シンバイオティクスは、プロバイオティクスとプレバイオティクスを組み合わせる考え方です。

例えば、乳酸菌やビフィズス菌を含むヨーグルトに、バナナやオートミールを加える食べ方が挙げられます。菌とその栄養源を一緒に取り入れられるため、日々の食事に応用しやすい組み合わせです。

国際プロバイオティクス・プレバイオティクス科学協会（ISAPP）は、2020年にシンバイオティクスの科学的定義に関するコンセンサス声明を発表しています。シンバイオティクスには、相補的な組み合わせと、相乗的な組み合わせという考え方があります。

3つの考え方と食品の組み合わせを比較

重要なのは、3つの考え方を理解したうえで、日々の食事に無理なく組み込むことです。

例えば、朝食に無糖ヨーグルトとバナナ、昼食に納豆と麦ごはん、夕食に野菜や海藻を使った味噌汁を取り入れれば、発酵食品とプレバイオティクスの両方を自然に摂取できます。

特別な健康食品を何種類も購入しなくても、一般的な食品の組み合わせで実践できる点が大きなメリットです。

【原因と対策】善玉菌が減る原因と腸内環境を悪化させる生活習慣

善玉菌を増やすためには、食品を追加するだけでなく、腸内環境に悪影響を与える可能性のある習慣を見直すことも必要です。

食物繊維が不足した食生活

野菜、豆類、海藻、きのこ、果物、全粒穀物などをあまり食べない生活が続くと、腸内細菌が利用できる食物繊維が不足しやすくなります。

特に、肉類や脂肪の多い食品に偏り、植物性食品が少ない食生活は、腸内細菌の構成に影響する可能性があります。

毎日の食事では、白米だけでなく麦ごはんを取り入れたり、野菜のおかずや豆類を追加したりするなど、少しずつ食事の内容を変えることが有効です。

加齢による腸内細菌の変化

腸内細菌の構成は年齢によっても変化します。

腸内細菌学会の解説や国立長寿医療研究センターの情報では、加齢に伴いビフィズス菌が減少しやすくなることが紹介されています。

ただし、年齢だけで腸内環境が決まるわけではありません。食事内容、身体活動、健康状態など、さまざまな要因が関係しています。

年齢を重ねてからも、食物繊維を含む食品や発酵食品を無理なく継続することが大切です。

睡眠不足・運動不足・ストレス

睡眠不足や運動不足、精神的なストレスなども、腸の働きや生活リズムに影響する要因です。

国立長寿医療研究センターは、生活習慣の乱れが腸内細菌叢のバランスに関係することを解説しています。

特に、運動不足によって身体活動量が低下すると、便通にも影響する可能性があります。日常的に歩く時間を増やす、軽いストレッチをするなど、続けられる活動を取り入れましょう。

抗生物質・抗菌薬の使用

抗菌薬は、感染症の原因となる細菌を抑えるために必要な医薬品ですが、病原菌だけでなく腸内細菌にも影響することがあります。

日本の腸内細菌学雑誌に掲載された抗生物質と腸内細菌叢に関する研究では、抗菌薬の投与によって腸内細菌の構成や多様性が変化することが報告されています。

ただし、抗菌薬は必要な治療です。腸内環境を守るために自己判断で服用を中断したり、処方量を変更したりしてはいけません。

抗菌薬を使用した後に下痢や腹部症状が続く場合は、医師や薬剤師に相談してください。

【実践編】善玉菌を増やすために今日からできる食事と生活習慣

腸内フローラを整えるために、難しい食事制限や高価なサプリメントを始める必要はありません。毎日の食事を少しずつ改善し、継続することが基本です。

朝食：ヨーグルトとバナナで手軽に腸活

朝食には、無糖ヨーグルトとバナナを組み合わせる方法がおすすめです。

ヨーグルトから乳酸菌やビフィズス菌を摂取できる商品を選び、バナナから食物繊維やオリゴ糖を取り入れます。

さらにオートミールを加えれば、食物繊維の摂取量を増やせます。時間がない朝でも準備しやすい組み合わせです。

昼食：納豆と麦ごはんで食物繊維を補う

昼食には、納豆と麦ごはんの組み合わせを取り入れてみましょう。

納豆は発酵食品であり、食物繊維や植物性たんぱく質も含みます。麦ごはんには水溶性食物繊維の一種であるβ-グルカンなどが含まれています。

野菜のおひたしや海藻の小鉢を追加すると、さらに食品の種類を増やせます。

夕食：具だくさん味噌汁と野菜料理

夕食には、玉ねぎ、ごぼう、きのこ、わかめ、豆腐などを使った具だくさんの味噌汁がおすすめです。

味噌などの発酵食品と、野菜・海藻・きのこに含まれる食物繊維を一緒に摂取できます。

ただし、味噌汁や漬物、キムチなどを多く取り入れる場合は、食塩の摂りすぎに注意してください。

毎日の生活習慣で意識したい5つのこと

• 食事を規則正しく摂る：朝食を含め、できるだけ一定の時間に食事をする。
• 水分を十分に補給する：水やお茶などを利用し、日常的な水分不足を避ける。
• 適度に身体を動かす：ウォーキングや軽い体操などを習慣にする。
• 十分な睡眠を確保する：就寝・起床時間をできるだけ整える。
• ストレスをため込まない：休息や趣味など、自分に合ったリラックス方法を取り入れる。

便意を我慢しないことも大切です。特に朝食後は便意が起こりやすいタイミングの一つなので、余裕を持ってトイレに行ける生活リズムをつくりましょう。

プロバイオティクスのサプリメントは必要？

ヨーグルトなどの食品から善玉菌を摂取するのが難しい場合、プロバイオティクスのサプリメントを検討する人もいます。

ただし、サプリメントを摂取すれば、誰でも腸内環境が改善するわけではありません。

厚生労働省のeJIMが紹介する科学的情報でも、プロバイオティクスには一部の症状に有用性を示す研究がある一方、疾患や症状によっては十分な科学的根拠が確立していないと説明されています。

また、菌株によって研究結果が異なるため、単純に配合菌数が多い商品を選べばよいというわけでもありません。

免疫機能が低下している人、重い基礎疾患がある人、治療中の人などは、自己判断でサプリメントを使用せず、医療従事者に相談することが大切です。

慢性的な便秘や下痢、血便、原因不明の体重減少、強い腹痛などがある場合も、食品やサプリメントだけで対応しようとせず、医療機関を受診してください。

【よくある疑問】善玉菌を増やすにはに関するFAQ

Q1：善玉菌を増やすために毎日食べたい食品は何ですか？

A1：ヨーグルト、納豆、味噌などの発酵食品に加え、野菜、豆類、海藻、きのこ、果物、大麦などをおすすめします。発酵食品だけに偏らず、善玉菌の栄養源となる食物繊維やオリゴ糖も組み合わせることがポイントです。

Q2：善玉菌を増やすにはヨーグルトを毎日食べたほうがよいですか？

A2：ヨーグルトを継続的に食べることは、乳酸菌やビフィズス菌を取り入れる方法の一つです。ただし、菌の種類や働きは商品によって異なります。糖質やカロリーにも配慮し、自分の体調や生活に合う商品を選びましょう。

Q3：善玉菌を増やす飲み物は何ですか？

A3：乳酸菌飲料や飲むヨーグルト、発酵乳などが選択肢になります。使用されている菌株や糖質量を確認してください。水やお茶も、十分な水分補給という観点から日常的に取り入れたい飲み物です。

Q4：善玉菌を増やすには食物繊維とオリゴ糖のどちらがよいですか？

A4：どちらか一方に限定する必要はありません。食物繊維には便のかさを増やす働きや腸内細菌に利用される働きがあり、オリゴ糖も腸内細菌の栄養源になります。両方を含む食品をバランスよく摂ることがおすすめです。

Q5：善玉菌が増えるまでにはどのくらいの期間が必要ですか？

A5：食品を食べ始めてから何日で善玉菌が増えるという、すべての人に当てはまる決まった期間はありません。腸内細菌の構成や体調、食生活などによって異なります。短期間で結果を求めず、数週間単位で食事や便通、腹部の状態を観察しながら継続しましょう。

Q6：善玉菌を増やすために避けたほうがよい食べ物はありますか？

A6：特定の食品を一律に禁止する必要はありません。ただし、野菜や豆類が少なく食物繊維が不足する食生活、脂肪や塩分の多い食品に偏った食生活は見直したいところです。栄養バランスを意識し、さまざまな食品を適量摂取しましょう。

Q7：善玉菌を増やすためにサプリメントは必要ですか？

A7：必ずしも必要ではありません。まずはヨーグルト、納豆、野菜、豆類、海藻など、普段の食事から取り入れる方法を検討しましょう。サプリメントを使用する場合は、菌株や科学的根拠、安全性を確認することが大切です。

まとめ：善玉菌を増やすには食事と生活習慣の継続が大切

善玉菌を増やすには、ヨーグルトや納豆などの発酵食品を食べるだけでなく、食物繊維やオリゴ糖を含む食品を組み合わせることが大切です。

特に意識したいのは、次の3つです。

• 善玉菌を取り入れる：ヨーグルト、発酵乳、納豆、味噌などを食生活に取り入れる。
• 善玉菌の栄養源を確保する：大麦、豆類、玉ねぎ、ごぼう、バナナ、海藻などを食べる。
• 腸内環境を支える生活を続ける：規則正しい食事、適度な運動、十分な睡眠、水分補給を心がける。

2026年現在、腸内細菌の研究では、特定の善玉菌を増やすことだけでなく、腸内細菌全体の多様性や代謝機能を支える食生活が重視されています。善玉菌と悪玉菌という単純な割合だけで健康状態を判断することはできません。

大切なのは、毎日同じ食品だけを食べることではなく、さまざまな食品から多様な栄養を摂取し、腸内細菌が活動しやすい環境を整えることです。

まずは朝食にヨーグルトとバナナを加える、白米に麦を混ぜる、味噌汁に野菜や海藻を増やすといった小さな工夫から始めてみましょう。無理なく続けられる食生活こそが、腸内環境を長期的に整えるための現実的な方法です。

参考資料・科学的根拠

厚生労働省「日本人の食事摂取基準（2025年版）」「e-ヘルスネット 食物繊維の必要性と健康」

国立長寿医療研究センター「便でわかる腸の健康」／公益財団法人腸内細菌学会「善玉菌・悪玉菌・日和見菌」「乳酸菌とビフィズス菌の違い」

厚生労働省eJIM「プロバイオティクスについて知っておくべき5つのこと」／ISAPP「プロバイオティクス・プレバイオティクス・シンバイオティクスの定義」

消費者庁「機能性表示食品について」／日本乳業協会「ヨーグルトに含まれる乳酸菌・ビフィズス菌」
（出典: 善玉 菌 を 増やす に は（Yahoo!ニュース））